Ventajas de FATNo es posible realizar una recuperación de archivos eliminados bajo Windows NT en cualquiera de los sistemas de archivos compatibles. Las utilidades de recuperación de archivos eliminados intentan tener acceso directamente al hardware, lo que no se puede hacer en Windows NT. Sin embargo, si el archivo estuviera en una partición FAT y se reiniciara el sistema bajo MS-DOS, se podría recuperar el archivo. El sistema de archivos FAT es adecuado para las unidades y/o particiones de menos de 200 MB aproximadamente, ya que FAT se inicia con muy poca sobrecarga.
Desventajas de FATPreferiblemente, cuando se utilicen unidades o particiones de más de 200 MB no debe utilizarse el sistema de archivos FAT. Esto se debe a que a medida que aumente el tamaño del volumen, el rendimiento con FAT disminuirá rápidamente. No es posible establecer permisos en archivos que estén en particiones FAT.
Ventajas de NTFSNTFS es más adecuado para volúmenes de unos 400 MB o más. Esto se debe a que el rendimiento no se degrada bajo NTFS, como ocurre bajo FAT, con tamaños de volumen mayores.
La posibilidad de recuperación diseñada en NTFS es tal que un usuario nunca debe tener que ejecutar ningún tipo de utilidad de reparación de disco en una partición NTFS.
Desventajas de NTFSNo se recomienda utilizar NTFS en un volumen de menos de unos 400 MB, debido a la sobrecarga de espacio que implica NTFS. Esta sobrecarga de espacio se refiere a los archivos de sistema de NTFS que normalmente utilizan por lo menos 4 MB de espacio de unidad en una partición de 100 MB.
NTFS no integra actualmente ningún cifrado de archivos. Por tanto, alguien puede iniciar bajo MS-DOS u otro sistema operativo y emplear una utilidad de edición de disco de bajo nivel para ver los datos almacenados en un volumen NTFS.
No es posible formatear un disquete con el sistema de archivos NTFS; Windows NT formatea todos los disquetes con el sistema de archivos FAT porque la sobrecarga de espacio que implica NTFS no cabe en un disquete.